Η Μονάδα Εντατικής Θεραπείας (ΜΕΘ) Παίδων του ΠΑΓΝΗ λειτουργεί από το 2013 και παρέχει εξειδικευμένη και ολοκληρωμένη υποστήριξη σοβαρών παιδιατρικών περιστατικών (με ηλικιακό εύρος από 30 ημερών έως 18 ετών).
Σε όλη τη χώρα λειτουργούν 55 κλίνες ΜΕΘ Παίδων (32 στην Αττική και 23 στην Περιφέρεια). Η ΜΕΘ Παίδων ΠΑΓΝΗ είναι η μοναδική στην Κρήτη, ενώ δέχεται αεροδιακομιδές και από ολόκληρη τη νότια νησιωτική Ελλάδα. Το τμήμα εφημερεύει 365 μέρες τον χρόνο. Το κλινικό της έργο αυξάνεται κατά πολύ τους καλοκαιρινούς μήνες, οπότε ο παιδιατρικός πληθυσμός στη νότια νησιωτική Ελλάδα τριπλασιάζεται λόγω τουριστικής περιόδου.